Познакомившись с Череповцом, отправляемся в дальнейший путь вверх по течению реки Шексны. Между Череповцом и Шексной река довольно извилиста. Здесь еще чувствуется подтопление, образованное плотиной Рыбинского водохранилища, и поэтому Шексна на этом участке довольно широка (1-1,5 км), образует довольно значительные заливы в затопленных устьевых участках даже небольших притоков, например в устьях левых притоков Большой Юг и Судьбица и правого притока Конома. Приустьевой залив реки Конома отделен от Шексны железнодорожной линией Вологда - Санкт-Петербург, выходящей на этом участке непосредственно на правый берег Шексны (на протяжении около 3 км). 

Ближе к поселку Шексна река начинает делать плавный поворот к северу, и у деревни Тарканово (на правом, западном берегу), за несколько километров до упомянутого поселка, через нее перекинут мост железнодорожной линии Вологда - Санкт-Петербург. Поднимаемся еще на 2 км выше по течению и видим на правом (северо-западном) берегу большое село Нифантово, а на левом (юго-восточном) берегу - устье реки Углы (в этом месте ее пересекает опять все та же железнодорожная линия) и сразу за ним - поселок городского типа Шексна. Это административный центр Шекснинского района Вологодской области, который был образован на территории Череповецкого района в 1965 году. Здесь построены предприятия химической переработки древесины и пищевой промышленности (маслозаводы, птицефабрика). В поселке имеется действующий Казанский храм Русской православной церкви. Непосредственно через поселок проходит автомобильная дорога Вологда - Санкт-Петербург (мост через реку Шексна в 1 км выше устья реки Углы). Во время гражданской войны в 1918 году произошло восстание крестьян окрестных деревень против советской власти. Восставшие (около 300 человек) под руководством прапорщика Белова в течение трех дней (с 1 по 3 декабря) удерживали станцию Шексна в своих руках. 

На северной окраине поселка Шексна, приблизительно в 3 км к северу от автомобильного моста и в 59 км (по реке) от Череповца, расположен Шекснинский гидроузел, в состав которого входит ГЭС, плотина и шлюз № 7 Волго-Балтийского водного пути. Шлюз позволяет поднимать суда на 13 м выше уровня Рыбинского водохранилища. 

Шекснинское (или Череповецкое) водохранилище образовано на реке Шексна плотиной Шекснинского гидроузла и имеет два озеровидных расширения: первое непосредственно выше плотины, а второе - в северной части водохранилища. Первое озеровидное расширение достигает ширины 3-4 км, а затем постепенно сужается в северном направлении и заканчивается в районе пристани Ирма (ок. 16 км к северу от Шекснинского гидроузла), где расстояние между противоположными берегами уже не более 600-800 м. Ирма - место живописное. Вершину горы, образующей мыс на стыке основного русла реки и уходящего на северо-запад 4-километрового залива, украшает здание церкви. Туристические теплоходы обычно устраивают в этом месте так называемую зеленую стоянку. 

На протяжении свыше 20 км к северу от пристани Ирма Шекснинское водохранилище имеет довольно стабильную ширину (около 400-1000 м) и почти не делает крутых изгибов. После этого начинается второе озеровидное расширение, где расстояние между противоположными берегами местами достигает 10 км; берега низки и заболочены, а береговая линия нестабильна и меняется в зависимости от колебаний уровня воды в водохранилище. В юго-западной части этого озеровидного расширения располагается устье реки Ковжи. Ее подпруженный приустьевой участок образует узкий (ширина 300-600 м) и длинный (около 15 км) залив почти прямолинейной формы. 

Северо-Двинская водная система

Приблизительно через 9 км после выхода из второго озеровидного расширения Шекснинского водохранилища приближаемся к селу Топорня на восточном берегу. Здесь берет свое начало Северо-Двинская водная система, которая через ряд каналов, озер и рек обеспечивает выход в Кубенское озеро и затем по реке Сухона - в Северную Двину. Эта водная система (общая длина - 135 км), включающая в настоящее время шесть шлюзов и восемь плотин, начинается с 7-километрового Топорнинского канала, который соединяет Шексну с озером Сиверским; на восточном берегу озера стоит город Кириллов. В разработке проекта каналов Северо-Двинской системы в 1823 году принимал деятельное участие тогдашний главноупраляющий Ведомства путей сообщения и публичных зданий герцог Александр Вюртембергский (1771-1833) - брат русской императрицы Марии Федоровны (супруги Павла I). По рекомендации А.В. Суворова он в 1800 году перешел на службу в русскую армию и переселился в Россию, участвовал во многих сражениях Отечественной войны 1812 года. 

К строительству водной системы приступили в 1825 году, а через три года она уже была открыта для судоходства. Высочайшим указом от 23 августа 1828 года новый водный путь было предписано именовать Каналом герцога Александра Вюртембергского. Это название употреблялось вплоть до первых лет советской власти, когда его переименовали в Северо-Двинский водный путь. В настоящее время по нему осуществляются только грузовые перевозки, но иногда проходят небольшие туристические теплоходы. Наиболее интересный участок водного пути - от пристани Топорня до истока реки Порозовицы - находится в пределах образованного в 1991 году национально-природного парка "Русский Север". 

В окрестностях села Топорня имеется живописный памятник природы - Сокольский бор. У села река Шексна делает поворот на запад и через 7 км подходит к стоящему на западном берегу на излучине селу Иванов Бор, где устроена паромная переправа на автомобильной дороге Кириллов - Череповец. 

От села Иванов Бор после очередного поворота реки вновь движемся в основном, северном направлении и приблизительно через 13 км подходим к селу Горицы на восточном берегу. Главная местная достопримечательность - архитектурный ансамбль Горицкого Воскресенского девичьего монастыря, наиболее древним строением которого является кубическая, первоначально одноглавая церковь Воскресения (1544). К ней примыкает миниатюрная церковь Димитрия (1611). Кроме того, в монастыре сохранилась колокольня XVII века, Троицкий собор и ограда (начало XIX века). Горицкий монастырь был официально закрыт в 1930 году, но к этому времени он уже был превращен в приходскую общину. Позднее в зданиях монастыря устроили дом инвалидов. В 1974 года ансамбль Горицкого монастыря закреплен за Кирилло-Белозерским историко-архитектурным и художественным музеем-заповедником. В селе Горицы имеется действующий Введенский храм Русской православной церкви. В окрестностях села (около 1,5 км к востоку) возвышается гора Маура - памятник природы (высота над уровнем моря - 185 м). С нее открывается великолепный вид на окрестности. Согласно преданиям, преподобный Кирилл Белозерский имел здесь видение: именно отсюда он, якобы, впервые увидел место, назначенное ему Богоматерью для устройства обители. На вершине горы лежит огромный камень, на котором имеется углубление; по народным преданиям - это отпечаток ноги самого преподобного Кирилла.