Шексна берет свое начало в Белом озере и впадает в Рыбинское водохранилище, ее длина достигает 139 км, а площадь бассейна - 19400 кв.км. Она входит в состав Волго-Балтийского водного пути и Северо-Двинской водной системы. 

До сооружения Рыбинского гидроузла Шексна впадала в Волгу почти напротив Рыбинска, а ее длина равнялась 445 км. В верхнем течении на протяжении более ста километров она была сильно порожистой, что серьезно затрудняло судоходство. В конце XIX века на ней стали сооружаться шлюзы. Подпорная плотина в истоке реки подняла уровень в Белом озере на полтора метра, что позволяло поддерживать необходимый уровень воды между шлюзами в период навигации. 

В старину по Шексне, как и по Волге, сплавляли лес, тянули баржи бурлаки. Позднее на смену им пришла конная, а в конце XIX века - туэрная тяга. Дно реки было проложено металлическими цепами, их приводили в движение туэры - паровые бесколесные суда с металлическим корпусом. На палубах устанавливались лебедки, движимые паром. Наматывая на барабан лебедки цепь, туэр тащил за собой против течения одновременно шесть-семь барж с грузом до 140-160 тонн в каждой со скоростью 2-3 километра в час. Правда, туэрная тяга себя не оправдала в силу исключительной извилистости реки. Механизмы ("суда-бурлаки") не могли конкурировать с дешевой лошадиной силой, тем более, что до создания Рыбинского водохранилища корабли на Шексне часто садились на мель и приходилось регулярно проводить дополнительные дноуглубительные работы. 

После заполнения Рыбинского водохранилища долина реки - в общей сложности более 300 км - была затоплена. Благодаря подъему уровня воды прежде мелководные участки стали судоходными. Сооружение Шекснинского (Череповецкого) гидроузла в еще большей степени расширило ее навигационные возможности. 

Основные притоки реки Шексны: справа - Ковжа, Ягорба, слева - Сизьма, Пидьма, Большой Юг.